Второй этап (2013-2017 годы) – переход экономики на новую технологическую базу, основанную на перспективных разработках в области информационно-коммуникационных, био- и нанотехнологий.
Условия социально-экономического развития на данном этапе характеризуются:
- созданием мощной научно-исследовательской базы, способной обеспечить развитие технологических заделов в соответствии с перспективными потребностями экономики, увеличением расходов на НИОКР и повышением эффективности сектора научных исследований и разработок;
- опережающим ростом инвестиций в сферы образования и здравоохранения и значительным повышением их эффективности;
- продолжением реализации крупномасштабных проектов в энергетике, в т.ч. связанных с притоком иностранных и государственных инвестиций, обеспечивающих преодоление сложившихся инфраструктурных барьеров;
- переход к серийному производству новых видов военной техники и ускорение темпов роста производства конкурентоспособной гражданской продукции предприятиями оборонно-промышленного комплекса, что позволит значительно улучшить их финансовое положение;
- увеличением конкурентного потенциала транспорта, расширением транзитных пассажиро- и грузопотоков, завершением создания опорной транспортной сети, включая сеть автомобильных и железных дорог, аэропортов и морских портов;
расширением конкурентного потенциала аграрного сектора, переводом сельского хозяйства в устойчивый режим развития с темпом роста не ниже 4-5% в год;
- нарастанием напряженности в пенсионной системе, связанной с ростом демографической нагрузки на трудоспособное население.

Основные приоритеты социально-экономического развития на данном этапе включают:
- создание условий для интенсивного технологического обновления российских корпораций на базе новых (в том числе ресурсосберегающих и экологически безопасных) технологий, расширение позиций российских компаний на мировых рынках высокотехнологичных товаров и услуг, закрепление специализации и компетенции России на рынках высоких технологий;
- обеспечение рациональной специализации российской науки, расширение передовых позиций российской науки по приоритетным направлениям научных исследований;
- создание сети конкурентоспособных центров (университетов) высшего образования мирового уровня;
- многовекторная интеграция России в мировое хозяйство на основе реализации крупных энергетических и транспортных проектов;
увеличение экспорта транспортных услуг и информационно-коммуникационных услуг.

Целевые макроэкономические индикаторы второго этапа (2017 год к 2012 году, %)
Рост ВВП 137-139
Рост производительности труда 142-144
Снижение энергоемкости ВВП 81-83
Рост реальных располагаемых доходов населения 140-143
Рост инвестиций в основной капитал 165-168
Темп роста потребительских цен 123-125

Основные риски второго этапа:
- усиление технологического отставания российской экономики от лидирующих стран и закрепление ее узкой энергетической специализации;
- ухудшение демографической ситуации, сокращение численности населения до 135-139 млн. человек к 2015 году, обострение дефицита трудовых ресурсов и вынужденный рост компенсационных социальных затрат;
- кризис пенсионной системы, связанный с увеличением дефицита по распределительной части пенсионной системы до 4,0% ВВП и более;
- исчерпание рентабельных эксплуатируемых запасов ряда природных ресурсов (нефть, цветные металлы), связанное с запаздыванием в разведке и разработке новых месторождений, а также в создании соответствующей транспортной инфраструктуры;
- появление дефицита водных ресурсов, ухудшение качественного состояния гидротехнической инфраструктуры;
- повышение рисков техногенных катастроф в сфере производственной инфраструктуры из-за недостаточных темпов ее модернизации в предшествующие периоды;
- формирование территориального пояса депрессивных регионов, сопровождающееся нарастанием деградации социальной инфраструктуры и человеческого капитала.